X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。
　　某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。
　　在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找到外星人来访的证据？

卧底探员杰克·罗尼克（Ethan Hawke 饰）为执行任务期间两位搭档的身亡而自责，于是调离了原岗担任13号警署的警长，心理医师艾丽科斯定期为他辅导，但杰克用玩世不恭的态度掩饰苦闷。新年夜里，大雪骤降，13号警署只有杰克、老警员贾斯帕和秘书爱丽丝三人值班，新近落网的黑帮头目毕绍普（Laurence Fishburne 饰）与另外三名罪犯正在押解的途中，由于大雪封路，押解车拐入13号警署暂歇，艾丽科斯也不得不滞留警署。两名押解警加入了庆祝新年的小型聚会，突然之间形势急转直下，押解警中弹身亡，数十名武装人员包围了13号警署并切断了杰克等人与外界的联系，杰克从入侵者的身上搜出警员证件，发现对方是长期与毕绍普合作的警队败类，现在为防止事情败露欲杀人灭口，杰克只好借助四名犯人的力量，和全副武装的警队败类们展开连番激战。

社工艾米丽·詹金斯（芮妮·齐薇格 Renée Zellweger 饰）做着单调、繁冗的工作，她每天要和不同的家庭打交道，处理他们的子女教育问题，结果得到的抱怨远远多于感谢。原本的38宗案件已经不堪重负...