新季剧情讲述Synth的意识被全面觉醒的一年后，有所分裂的英国正处于人类及Synth之间那不太安宁的和平里，然而当一个Synth组成的社区建立起来时，两方希望达致的稳定将受到威胁。Synth一行人Mia﹑Niska及Max（Gemma Chan﹑Emily Berrington及Ivanno Jeremiah饰演）将继续为生存而奋战；而人类方Joe﹑Laura，他们的孩子Mattie﹑Toby与Sophie（Tom Goodman-Hill﹑Katherine Parkinson﹑Lucy Carless﹑Theo Stevenson及Pixie Davies饰）则在努力接受这全新环境。

　　当莱克斯·卢瑟(乔恩·克莱尔 Jon Cryer 饰)试图通过控制地球上一半以上的人口来作为他“修复”宇宙计划的第一步时，超级少女(梅莉莎·班诺伊 Melissa Benoist 饰)与她的朋友们成功赶来将其阻止并消除了他的能力。但在最后一刻，莱克斯·卢瑟还是成功将超级少女给传送进了幻影空间，使得纳新诺市面临着没有超级少女保护的局面......

　　由于莱克斯·卢瑟(乔恩·克莱尔 Jon Cryer 饰)在临死之前向自己的妹妹莉娜·卢瑟(凯蒂·麦克格雷斯 Katie McGrath 饰)告知了卡拉·丹弗斯(梅莉莎·班诺伊 Melissa Benoist 饰)其实就是超级少女的事实，于是觉得被自己的好友长期欺骗的莉娜便下定决心对其展开报复。
　　与此同时，一个名为“利维坦”的神秘外星组织也在渐渐地向纳新诺市展开了威胁......