即将升上初中二年级的朝日奈未来，在春假的某天晚上，看到一神秘物体从天落入附近的公园里。“难道是魔法使？”，兴奋的未来第二天一早就和自小就喜爱着的绒毛玩具熊“毛芙伦”一起向公园前进。结果在那里看到的是……骑着扫帚漂浮在空中的女孩……自称是理子的那个女孩子，竟然是魔法使。
　　未来对魔法使非常感兴趣，对理子问东问西的。理子好像是为寻找“某物”而来到未来居住的世界。此外，仔细一看，她们两人带着同样的吊坠…。
　　就在此时，暗之魔法使•多库罗克希的部下巴提在两人面前出现。他逼迫理子交出“波纹翡翠”（リンクルストーン・エメラルド，Wrinkle Stone Emerald），但是理子好像也在寻找“波纹翡翠”……
　　当被巴提的黑暗魔法所诞生的怪物欲望怪逼入绝境时……未来和理子、还有毛芙伦手牵着手，不断地喊出魔法的咒文“Cure Up・Rapapa! ”，吊坠突然发出了光辉。
　　于是，传说的魔法使“光之美少女”就此诞生。

　　故事发生在一座名为伊奥鲁夫的城市中，在这里出生的人们拥有无限的寿命，外表却会定格在15岁的模样，玛奇亚（石见舞菜香 配音）就是这样一个土生土长的伊奥鲁夫少女。一天，为了抢夺永生之血，梅萨蒂军乘坐着古代神兽对伊奥鲁夫发动了空袭，造成了惨重的损失，玛奇亚的好友蕾莉亚（茅野爱衣 配音）被掠走了，和蕾莉亚一起失踪的，还有玛奇亚暗恋的少年克里姆（梶裕贵 配音）。
　　在黑暗的森林里，幸存的玛奇亚捡到了一名男婴，他的双亲在之前的袭击中丧生了。玛奇亚以母亲的身份收养了他，给他取名为艾瑞尔（入野自由 配音）。