16世纪末，日本正处于战国时代的白热化时期。魔王织田信长（吉田钢太郎 饰）集结大军，朝向早已失去甲斐之虎的武田领地袭来。武田家昔日的风光不再，而今则被织田信长、上杉景胜（远藤宪一 饰）、北条氏政（高岛政伸 饰）、德川家康（内野圣阳 饰）这几大豪强团团包围，灭亡在即。覆巢之下安有完卵，依附于武田家的真田昌幸（草刈正雄 饰）为了保护真田家，于是运用变化多端的计谋纵横捭阖，翻云覆雨，巧妙周旋于各路英雄之间。在此多事之秋，昌幸的两个儿子源三郎（大泉洋 饰）和源次郎（堺雅人 饰）见证并参与了时局动荡的各个重要事件。 特别是源次郎，他在父兄的磨练下迅速成长。而在不久后的将来，他还将以“真田幸村”这个名字在战国末年的战场上留下浓重的一笔……

　　日本珠宝商人山本（岳华 饰）在东京举行珠宝展览会期间遭到雌雄大盗中川和西协美智子的血腥洗劫，警官藤冈弘的助手在枪战中身亡。在此之后中川和西协赶赴香港，准备采购军火支持日本赤军的运动。
　　得知消息的藤冈亦尾随来港，香港警方派出阿丽（杨丽菁 饰）接机，同期山本也抵达香港。藤冈埋怨香港警方办事不力，在酒吧中偶遇西协，引发枪战，造成数人死亡。被港警扣留准备遣返日本的藤冈设法逃出，追至山本住处，雌雄大盗尾随前来。双方发生新一轮的火拼……

　　「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊，研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中，原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後，不明生命體的政擊再度出現，這次的目標竟然是紗綾香，翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門，與G3-X一同前住救援。突然間，G4出現了，他的出現讓眾人非常驚訝。因為在兩個月前，G4的藍圖被盜，它的力量強大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是誰偷走G4後又製造它？不明生命體的攻擊到底來自何方？假面騎士顎門，G3-X，G4與不明生命體之間的戰爭即將開打！！

　　故事发生在位于东京的全力高中内，该校的棒球队拥有史无前例的弱小实力，屡战屡败，每次联赛都是垫底的那一个。长此以往，校长终于对无能的棒球队和球队教练不屈斗志（玉山铁二 饰）下达了废部警告。然而，不屈斗志并没有放弃组建球队的理想，他决定带领懒散懦弱的队员们打一场漂亮的翻身仗。
　　训练计划已经制定，但执行起来却面临着重重的阻碍。在克服了各种各样的困难，遇到了数不清的挫折之后，球队总算是取得了他们的第一场胜利。之后，不屈斗志更是提出了一个听起来几乎不可能完成的计划，那就是称霸甲子园。

　　「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊，研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中，原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後，不明生命體的政擊再度出現，這次的目標竟然是紗綾香，翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門，與G3-X一同前住救援。突然間，G4出現了，他的出現讓眾人非常驚訝。因為在兩個月前，G4的藍圖被盜，它的力量強大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是誰偷走G4後又製造它？不明生命體的攻擊到底來自何方？假面騎士顎門，G3-X，G4與不明生命體之間的戰爭即將開打！！

　　日本珠宝商人山本（岳华 饰）在东京举行珠宝展览会期间遭到雌雄大盗中川和西协美智子的血腥洗劫，警官藤冈弘的助手在枪战中身亡。在此之后中川和西协赶赴香港，准备采购军火支持日本赤军的运动。
　　得知消息的藤冈亦尾随来港，香港警方派出阿丽（杨丽菁 饰）接机，同期山本也抵达香港。藤冈埋怨香港警方办事不力，在酒吧中偶遇西协，引发枪战，造成数人死亡。被港警扣留准备遣返日本的藤冈设法逃出，追至山本住处，雌雄大盗尾随前来。双方发生新一轮的火拼……

　　千辛万苦在一起的三云华（深田恭子）和樱庭和马（濑户康史），因为L一族对外身分已是死亡，所以只能采事实婚，原本属于搜查一课的精英刑警和马，也因这段恋情被贬到地方警署，同时和华结婚的事，也必须严格保密，对外宣称单身。此时，担心着两人的华的父亲三云尊（渡部笃郎）送了栋豪华公寓给他们，权当结婚贺礼。事实上，这栋公寓和尊的新居相连。另一边，华的哥哥三云涉（栗原类）又盯上了一个大目标，L一族再度复活，满心希望和盗贼家业断绝关系、安心享受美满婚姻的华，命运又将如何？

为调查某起神秘事件，葛叶紘汰（佐野岳饰）潜入诡异凶险的海姆冥界之森调查。途中，他目击一位少年遭到巴丹帝国的怪人袭击。当他正打算变身铠武之际，有一个宛如武士风格的男人突然出现，大喊一声`变身`，随即以假面骑士1号的形象出现，原来他就是传说中的男子本乡猛（藤冈弘饰）！假面骑士1号以迅雷不及掩耳的速度解决掉身边的怪人，身处昭和和平成的两代正义战士见面，但紘汰对于这个和父亲年龄相仿的传奇假面骑士充满不解。在此期间，假面骑士decade门矢士（井上正大饰）正积极联络这个世界上的15名平成假面骑士，他也与紘汰取得了联系。接二连三的恐怖事件显而易见出自巴丹帝国之手，而他们的目的正是毁灭全人类。积极备战的平成骑士遭遇本乡猛率领的昭和骑士战队。本乡猛却认为巴丹帝国的泛滥根源，全与平成假面骑士有关。两代人，两代战士，双方各执一词，互不相让，最终矛盾升级，假面骑士之间的战争全面爆发。与此同时，巴丹帝国的邪恶计划仍不可遏止地进行当中。随着另两支正义队伍烈车战队特急者和兽电战队强龙者的加入，正义战士们的对决变得愈加扑朔迷离…

为调查某起神秘事件，葛叶紘汰（佐野岳 饰）潜入诡异凶险的海姆冥界之森调查。途中，他目击一位少年遭到巴丹帝国的怪人袭击。当他正打算变身铠武之际，有一个宛如武士风格的男人突然出现，大喊一声`变身`，随即以假面骑士1号的形象出现，原来他就是传说中的男子本乡猛（藤冈弘 饰）！假面骑士1号以迅雷不及掩耳的速度解决掉身边的怪人，身处昭和和平成的两代正义战士见面，但紘汰对于这个和父亲年龄相仿的传奇假面骑士充满不解。
在此期间，假面骑士decade门矢士（井上正大 饰）正积极联络这个世界上的15名平成假面骑士，他也与紘汰取得了联系。接二连三的恐怖事件显而易见出自巴丹帝国之手，而他们的目的正是毁灭全人类。积极备战的平成骑士遭遇本乡猛率领的昭和骑士战队。本乡猛却认为巴丹帝国的泛滥根源，全与平成假面骑士有关。
两代人，两代战士，双方各执一词，互不相让，最终矛盾升级，假面骑士之间的战争全面爆发。与此同时，巴丹帝国的邪恶计划仍不可遏止地进行当中。随着另两支正义队伍烈车战队特急者和兽电战队强龙者的加入，正义战士们的对决变得愈加扑朔迷离…

正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……
　　本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。