故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子 配音）。绝对不相信有超自然力量存在的玛雅，此行便是为了调查父亲里奇的死因而来，这样的她，遇见了一位名叫内田文明（水岛大宙 配音）的神秘男子，刚刚登场的内田，便说出了让玛雅吃惊的话语，他居然来自未来的2012年！
　　这个形迹可疑的男子的话能够相信吗？2012年的世界是怎样的景象？一连串意外让玛雅逐渐相信了内田的说辞，而内田究竟为何而回到过去，这原因也渐渐的浮出了水面。

　　国立爱丽丝研究机关学园本部不同于一般的学园，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。因为好友今井萤（钉宫理惠 配音）转学从乡间来到了城里的爱丽丝学园，无论如何也不想和萤分开的佐仓蜜柑（植村加奈 配音）因此离家出走，跟随萤来到了学园。但没有超能力的她根本无法进入，被学院老师鸣海先生（石田彰 配音）救助后，意外地开发了蜜柑的超能力，于是，机缘巧合下，蜜柑也进入了爱丽丝学园，达成了她和萤在一起的愿望。
　　新学校的生活有喜有忧。蜜柑所具备的超能力被同学嗤笑为最无用能力，和其搭档的又是问题少年日向枣（朴璐美 配音），不能见相依为命的爷爷，在各种挫折困难面前，蜜柑依然乐观应对，逐渐赢得了大家的喜欢，也收获了和枣的爱情，但前路依旧有各种困难在等着他们……

　　奈基虽然还只是一个十岁的少年,但是他已经是英国国立魔法学校的优秀毕业生了.以成为出色的魔法使为目标的奈基,为了完成毕业论文而来到麻帆良学园担任女子中等部二年A班的导师.刚来报道的第一天,温和的奈基就不幸的惹到了班上活泼脱线的女生神乐坂明日菜,虽然他小心翼翼的保守自己会使用魔法的秘密,但是一次为了救班上的图书管理员宮崎のどか同学,不小心被神乐坂明日菜看到,并且因为意外KISS而与之结下契约,成为魔法使从者.奈基和神乐坂明日菜等31位女生的笑闹校园生活从此揭开了序幕……

　　中世纪，炼金术士们以巨大的代价从恶魔的手中得到了传说中的永生之酒，凡是喝下永生之酒的人们，正如它的名字那样，将会得到永远不会死亡的肉体。永生之酒带来了希望，却也引发了空前绝后的灾难，因为私欲和利益，与此酒相关的人士一个接着一个失去了踪迹。随着禁酒令的颁布，永生之酒的下落逐渐成为了谜题，然而数年过后，有关它重出江湖的消息再次被传得沸沸扬扬，在纽约的黑道中激起了涟漪。
　　身怀绝技的少年洛菲（吉野裕行 配音）、不老不死的炼金术士阿洛瓦（宫本充 配音）、个性莽撞大大咧咧的夫妻艾萨克（小野坂昌也 配音）和哈文特（青木静香 配音），这些身份从无交集的人们，也为了追寻永生之酒的下落而走到了一起。

　　孤儿哈金（大后寿寿花 配音）从小被神父收养，没想到，表面上光鲜伪善的神职人员背地里却是个以虐待儿童为乐的禽兽。虽然生活在非人的待遇之下，但单纯的哈金从来都没有放弃过可以获得自由的梦想，没想到，这一天，她的梦想竟然成为了现实。当那个名为道子（真木阳子 配音）的美丽女人出现在她的面前时，当哈金坐上她那造型夸张的坐骑时，当身后的警察马不停蹄的追赶她们二人的时，哈金明白，从此以后，她的命运，将完完全全的由她自己来掌控。
　　就这样，哈金和道子踏上了逃亡与流浪的旅程。她们的终点在哪里？桀骜不驯的道子又究竟有着怎样的神秘过往？

　　夜斗（神谷浩史 配音），是个居无定所、打着散工、穿着运动服的落魄神明，既没有神社供奉，连手下的神器也急着跳槽，他却怀着“受万民景仰”的伟大梦想，以五元香油钱为价格，接受各种各样的委托，上至砍妖除魔，下至打扫卫生。就这样，夜斗穿梭于此岸与彼岸，与八百万神明、服侍神明的“神器”、人类以及妖，共同生活在这个光怪陆离的世界中。
　　一天，普通初中女生一岐日和（内田真礼 配音）因意外与夜斗结缘，为此落下了一种奇怪的体质——灵魂和身体很容易出现分离。日和拜托夜斗解决自己的问题，夜斗却烦恼着自己手下没有“神器”。不久，夜斗命中注定的神器出现了，夜斗赐其名为雪音（梶裕贵 配音）……
　　本动画改编自安达渡嘉创作的同名神幻题材漫画。