某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。
　　之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。

　　某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。
　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉，但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索，美伢和广志得知小新身在香港，两人前往香港，在那里又遇见了肌肉，一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。

　　阳光明媚的一天，盛大的B级美食嘉年华在春日部市召开，野原新之助（矢岛晶子 配音）看到新闻后兴奋非常，于是和樱田妮妮、风间彻、代全林、佐藤正男等好朋友们商定，偷偷前往嘉年华大饱口福。与此同时，B级美食嘉年华举行的消息也传到所谓的A级美食机构。该机构最高负责人满美食大人（中村悠一 配音）对B级食物充满鄙夷，他决定彻底摧毁这些下等吃食。未久，A级美食的飞船飞临嘉年华，对底层料理手艺人进行无情驱逐。为了挽救B级美食，炒面阿健决定启用传承已达五十代的秘制酱汁。阿健的相好红子走投无路，将酱汁罐子交给春日部防卫队的各位。
　　小新和朋友们无意间承担起包围B级美食的重任……

　　公元199X年，人类世界的最高首领因一己私欲发动战争，甚至愚蠢地按下毁灭世界的按钮。世界遭受核武器洗礼，山崩地裂，海水枯竭。部分人类虽侥幸存活，然地球上资源短缺，使得血腥纷争仍在继续。
　　世间传说“有北斗出现的地方，必现乱事”。身上有七处伤疤、北斗密宗神拳继承者健四郎孤独行走在干涸的大地上，寻找心爱的女人尤丽娅。一路上艰难险阻不断，各路强手如云，健四郎在宿命的引领下一次次穿越充斥血雨腥风的生死屠场……
　　根据武论尊、原哲夫的同名漫画改编。

　　《机动战士高达F91》的电影版于1991年3月16日上演，影片描写0123年3月16日至3月30日“克洛斯邦·班卡多动乱”（Crossbone Vanguard）时期的故事。
　　U.C.0123年3月16日，殖民卫星FRONTIER SIDE遭到自称C.V（死亡先锋）的迷之MS部队袭击，造成FRONTIER Ⅳ的 500 多居民死亡、 14 万人避难。 在避难的人群中有GUNDAM F91开发者之一梅凌·亚诺博士的一对子女西布顿（シ—ブック アノ—）、丽诗，以及罗拿家族的次女贝拉·罗拿，又名茜茜莉·费尔齐。罗拿家族是 C.V的领导者，提倡贵族主义并欲统一殖民卫星、建立宇宙巴比伦空中花园。茜茜莉的母亲娜迪亚不满于家族的束缚而和一名叫史奥·费尔齐的下人私奔，当她发现史奥卑劣的人格后又抛下自己的女儿不知所踪。当西布顿等人来到码头，在其父洛士尼·亚诺的带领下登上小型穿梭机时，茜茜莉在其养父史奥的胁迫下，离开西布顿和自己的哥哥度雷一起返回罗拿家。逃到FRONTIER Ⅰ的西布顿一行，遇到了联邦军的练习船舰“宇宙方舟”。
　　3月19日至22日，C.V开始进攻FRONTIER Ⅱ、 Ⅲ并将其压制。因为缺少人手，西布顿他们被拉入联邦军帮忙，也因此发现其母亲开发的F91 亦在此方舟内（采用了生物电脑的F91，事实上是专为NEW TYPE设计的）。 丽诗还替机械师解答了母亲在F91生物电脑中留下的迷题， 这使得每启动一次就会出故障的F91终于被完成了， 又因“宇宙方舟”上只得比基特一位驾驶员，故西布顿被推上 F91的驾驶舱，他的NEW TYPE能力也开始渐渐地觉醒了。另一方面，回到罗拿家的茜茜莉受到祖父马尔捷的热烈欢迎，
　　并想让她成为宇宙巴比伦空中花园的女王。被祖父一番剖白打动的茜茜莉剪去长发打算留在罗拿家，并开始学习驾驶MS，教她驾驶MS的查贝尼（C.V 中最强的“黑之部队”队长）亦发现茜茜莉也是NEW TYPE。
　　3月26日，C.V的最高指挥官铁假面（茜茜莉的父亲，原名卡罗素，因妻子和别人私奔而戴上面具遮丑，乃是强化人类）在FRONTIER Ⅳ发表宇宙巴比伦宣言。 而西布顿亦趁机潜入罗拿家的别墅，欲带走茜茜莉未果，反而连累了自己的父亲。回到“宇宙方舟”，和分别多时的母亲相遇，不免责怪其母抛下他和丽诗埋头于工作中。当西布顿和他的母亲尽释前嫌时，茜茜莉的母亲娜迪亚亦逼着史奥带她去见自己的女儿，并要茜茜莉离开罗拿家。不听母亲劝告的茜茜莉扬长而去，此时娜迪亚发现站在她身后的史奥已被铁假面所杀，紧接着自己也被C.V的士兵抓了起来。
　　3月30 日， 不知情的茜茜莉与查贝尼一起奉命佯攻FRONTIER Ⅰ，而铁假面则带着他的舰队占领FRONTIER Ⅰ的能量供应装置替其秘密武器“巴克”提供能源。查贝尼的部下玛安娜.布尔芝因嫉妒其上司对茜茜莉的过分关怀而倒戈，投奔“宇宙方舟”，和西布顿等人一同迎击C.V 的“黑之部队”。当安娜玛丽的MS被查贝尼击中后，西布顿亦与茜茜莉的MS交锋，所幸最后两人认出了对方，茜茜莉回到西布顿的身边。“黑之部队”撤退后不久，铁假面的母舰上便放出大量“巴克”进入卫星中。“巴克”是一种专门用来杀人的兵器，它能感应人的波长而上天入地将卫星中的居民全部杀死！西布顿、茜茜莉和比基特三人奋力抵抗“巴克”，却没有多大效果，比基特当场阵亡。西布顿和茜茜莉设法将“巴克”吸引到狭窄的通道中令其相撞，然后又炸毁了生产“巴克”的船舰。回到母舰上的查贝尼，知晓铁假面瞒着他和总帅马尔捷制造了“巴克”并企图以此将月球和地球的居民全部抹杀之事后，立刻将铁假面的副官处死，并令余下的C.V部队撤离FRONTIER Ⅰ。
　　觉察到茜茜莉背叛的铁假面恼羞成怒，驾驶着最新的MA“拉夫烈西亚”追击茜茜莉和西布顿。战斗初始， F91和茜茜莉驾驶的比维拿.基拿在拉夫烈西亚的强大力量下毫无还手之力，比维拿.基拿被击毁，茜茜莉被铁假面抓出驾驶舱抛向茫茫的宇宙。愤怒的西布顿发挥出F91 真正的力量，使出有质量的残像“分身”将铁假面打倒。战斗结束后，及时逃出FRONTIER Ⅰ的宇宙方舟缓缓驶向F91，查贝尼见宇宙方舟上搭载着大量的难民，又目睹到西布顿失魂落魄地四处寻找茜茜莉的样子，便放过他们带着自己的部下悄悄离去了。西布顿在其母亲的指点下，运用NEWTYPE的感知能力， 终于找到了飘荡在无尽空间中的茜茜莉，两人相拥在一起，其喜悦之情不言而喻

因为一块布丁，野原新之助（矢岛晶子 配音）和妹妹向日葵（こおろぎさとみ 配音）激烈争吵，身为哥哥他自然受到爸爸广志（藤原啓治 配音）和妈妈美伢（ならはしみき 配音）的训斥。小新恼羞成怒，扬言“不要当哥哥！不要妹妹了！”就在此刻，一胖一瘦两个绿衣人出现，声称愿意将小葵收养，以向日葵公主的身份展开新的生活。一道刺眼强光过后，签订了协议的野原一家被吸入UFO，开始了吉凶未卜的宇宙旅行。
　　从向日葵星国王口中得知，当前这颗星球和地球正面临前所未有的危机，一旦二者间的平衡受到破坏，两颗星球都将迎来毁灭的厄运。而向日葵，正是防止危机的关键…

野原新之助今年5岁了，他人小鬼大，富于幻想，喜欢别出心裁。他和父亲、母亲、妹妹组成一个幸福的四口之家，他还收养了一条像棉花糖一样的流浪狗——小白。小新的妈妈是一位全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸也经常被这两母子搞得晕头转向。一家人的生活虽然吵吵闹闹，但也不乏温馨感动。小新正在春日部双叶幼儿园上学，这里有他的好朋友风间、妮妮、正男、阿呆，他们每天在幼儿园中有时学习知识，有时愉快地玩耍。对所有事情都充满好奇心的他们，经常做出各种出人意料、又令人啼笑皆非的举动，让老师和园长都头疼不已。小新就在这样开开心心的日子里不断成长着。