自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。
　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

　　神城麻郁（浪川大辅 配音）从小在孤儿院长大，除了一张年代久远的照片外，他对自己的过去一无所知。一次偶然中，他在电视上看到了和自己手中照片上一模一样的房子，为了弄清楚自己的过去，他搬到了那幢房子里，并进入当地的高中就读。
　　某天上学途中，麻郁遇见了正要被人非礼的女孩宫藤深衣奈（中原麻衣 配音），他意外的发现，自己和宫藤深衣奈有着相同颜色的眼眸。让麻郁没有想到的是，当晚，深衣奈竟然出现在了自己家的门口，并拿出了和麻郁一模一样的照片，声称自己饰麻郁的双胞胎妹妹。就这样，麻郁开始了和深衣奈的同居生活，随着时间的推移，两人之间的关系逐渐亲密起来。

邪恶天才科学家地狱博士（石冢运升配音）企图征服世界，人类因此而陷入灭亡危机，在驾驶魔神Z的兜甲儿（森久保祥太郎配音）以及其他伙伴们的努力下，世界得以恢复和平。十年后，兜甲儿不再是超级机器人的驾驶员，而是成为了一名科学家。某日，他在富士山地底见到了被埋在山底的超巨大遗迹——INFINITY无限魔神，以及同时出现的神秘生命体“莉莎”（上坂堇配音）。而在同一时刻，地狱博士突然神秘地复活了，他还打算利用INFINITY无限魔神所潜藏的无限可能性，完成他征服世界的野心……就在这千钧一发之际，传说中的驾驶员兜甲儿与魔神Z再次挺身而出拯救人类…

路飞（田中真弓配音）和他的草帽海贼团在新世界展开全新的冒险，这一次他们来到了世界上最大的娱乐城——古兰·泰佐罗。这里云集了世界各地的富豪、海盗、海军，同时也是政府承认的独立国家和非武装地带，是世界政府不可轻易染指的“绝对圣域”。被称作“黄金帝”的吉尔德·泰佐罗（山路和弘配音）是绝对圣域的至高领导，据说吃过金金果实的他拥有常人难以想象的神奇能力，此时有条不紊地实施着雄霸天下的计划。另一方面，原打算狠捞一笔的路飞一伙落入了吉尔德·泰佐罗的金钱陷阱，他们进而被卷入了裹挟着奉献给天龙人的“天上金”以及对抗政府的革命军的巨大漩涡之中。新的争斗在所难免……本片是经典漫画作品《海贼王》第13部剧场版动画。