表面上，高岭清麿（樱井孝宏 配音）是一个个性孤僻不爱上学的不良少年，但他其实是个拥有超高智商的天才少年。某日，一个外表奇特的男孩找到了清麿，男孩告诉清麿自己叫卡修（大谷育江 配音），此行前来的目的是为了报恩。就这样，清麿收留了卡修，两人的同居生活正式开始。
　　在卡修随身携带的红书里，隐藏了卡修失忆的线索，而清麿居然轻易的就读懂了上面古怪的文字，从而展开了一段魔幻奇缘。原来，在这个世界上，存在着很多像卡修这样带着魔法书的孩子们，在他们之间，以破坏其余的魔法书为目的，持续着一场浩荡的战争。而卡修和清麿，亦被卷入了这场残酷的战争中去。

　　西曆2045年。以新超時空要塞7號艦為中心的第37次超長距離移民團--超時空要塞7--一邊和神秘的巴洛達軍多次交戰，一邊向銀河的中心航行！
　　而在西曆2046年。在戰爭的一角，本篇故事開始了……
　　由於巡邏中的一次意外而辭去軍職的女軍官瑪哈拉，退役當天因為意外事故死亡的部下之父對她懷恨在心，因而招來殺身之禍。
　　在千鈞一髮之際救了她的人是個腳穿空中冰刀的少年御堂柴--一個綽號"黑色轟炸機"，粗野的T-CRUSH選手。相傳柴是以往曾經亟欲獲得天才飛行員名號，現在身為超時空要塞7艦長的麥克斯的私生子……
　　對柴充滿興趣的瑪哈拉帶領新加入的成員，擔任柴所屬隊伍的教練。擔任經理、一心想成為歌手的艾妮卡對柴與瑪哈拉的關係感到困惑不已。瑪哈拉完全無視艾妮卡的感受，讓柴與莫巴德展開了一場競賽。雖然柴以自己拿手的技巧而揮灑自如，但卻在最後一圈被接受瑪哈拉指示的莫巴德打敗。之後，柴就從隊上消失了。艾妮卡擔心他，為了尋找他而來到了工廠艦。在貧民區被混混抓住。最被瑪哈拉搭救。
　　從瑪哈拉那裡得到訊息而到一間公寓找尋的艾妮卡，在那裡看到了和美少年一起生活的柴……震怒的艾妮卡加上前來報仇的混混，一場大戰就此展開……

　　川越春间（平川大辅 配音）是一名十分平凡的男子大学生，因为童年时代的不幸遭遇，春间对兄妹之间的亲情十分渴望。一年圣诞节，春间向圣诞老人许愿希望能够得到一个妹妹，让春间再也没有想到的是，自己的愿望竟然成真的，一个名为裘可（斋藤桃子 配音）被送到了春间的身边，成为了他的妹妹，就这样，在春间居住的椿庄里，裘可和春间开始了他们的同居生活。
　　因为平凡的外貌而常常产生自卑感的管理员芹川千岁（水桥香织 配音）、大大咧咧个性奔放在生活里邋里邋遢的美女足来真琴（森永理科 配音）、经营着花店性格十分温柔体贴的老板娘圆崎绫乃（大原沙耶香 配音），和生活在椿庄周边的朋友们，春间的日常拉开了序幕。

　　在前往新世界的路上，草帽海贼团的各位悠哉游哉，举行了盛大豪华的时装秀。而就在此时，他们遭到比利奇准将所率领的海军的袭击，借着约瑟芬大炮的威力，草帽海贼团的船飞到了一座未知的小岛——手之岛。该岛形状像一只摊开的手掌，并且上面云集了来自全世界的能工巧匠。他们所制作出的手工艺品得到路飞、乌索普、布鲁克等人大为欣赏，但是手工艺品却十分短缺。因为这里的壮丁都被比利奇准将拉去修建海军基地，饱受压迫。路飞意外邂逅了雕蜡工匠杰高，既勾起了他童年的记忆，也知晓了手之岛的往事。比利奇准将不断膨胀的野心，必将为这座小岛带来一场前所未有的暴风雨……
　　本片为剧场版海贼王Z放映纪念特别篇。