故事发生在黑手党出没的意大利。表面上，“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院，但在背地里，他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练，经过改造的女孩们，成为了不折不扣的杀人兵器。其中，要数海瑞塔（南里侑香 配音）、莉可（三桥加奈子 配音）、崔耶拉（仙台惠理 配音）、克拉耶斯（小清水亚美 配音）和安琪莉可（寺门仁美 配音）五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。
　　少女们的敌人，是被称为“五共和国派”的恐怖组织，他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运，残酷的战斗中，处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。

　　《五星红旗迎风飘扬2》承接“两弹一星”的故事，从1970年4月我国第一颗人造卫星上天写起，着力塑造毛泽东、周恩来、邓小平等老一辈革命家运筹帷幄，在复杂多变和严峻的国际环境中，审时度势，从容应对，始终立于主动地位。为了维护祖国的主权、领土完整和民族尊严，他们进行的坚定而有理有力的斗争，在严重困难面前，他们带领全国人民，迎难而上，以不屈的姿态和昂扬的精神面貌去战胜和克服困难，终于走出了一条中国特色的社会主义道路。

　　新学期开始，各个社团都在大力招新，青春学园的强势社团网球社迎来了一位从美国回来的新生越前龙马（皆川纯子 配音）。个头虽小气场却不小的龙马寡言少语性格颇拽，引来了前辈们的不满。但一经较量后，发现龙马果真实力非凡，虽然是一年级，但还是入选为正式队员，目标直指全国大赛。
　　而网球社的成员也都各有各的本领和个性。总是笑眯眯的不二（甲斐田雪 配音）、爱操心的大石（近藤孝行 配音）、龙马的好友桃城（小野坂昌也 配音）、桃城的死对头海棠（喜安浩平 配音）、闹腾的菊丸（高桥广树 配音）、数据控的乾（津田健次郎 配音）以及实力强劲的队长手冢（置鲇龙太郎 配音）。性格各异的他们在磨合中逐渐形成默契，一路征战，遇见形形色色的来自其他学园的挑战，而大家的目标只有一个，那就是全国大赛的冠军。

这集剧场版的故事将舞台从日本搬到了网球圣地：英国的温布尔顿。来自世界各地的青年网球高手们集结于此，作为日本的代表队，青学、冰帝、立海以及四天宝寺等几所学校的队员们也受邀参加大会。然而，大会中却发生了让人意想不到的事情！这些天才网球选手们接连受到了来自不明身份人物的袭击，魔手也渐渐迫向日本选手……不同于以往的正规比赛，主人公龙马等人将在国王之城（King of Kingdom）中各种不同场所与敌方交手，无数的陷阱等待着他们。敌人究竟是谁？面对着意想不到的激战，龙马一行人的命运究竟会如何？前所未有的生死殊斗即将展开。