女子高中生音无小夜（喜多村英梨 配音）有一个幸福的家庭和一群善良的朋友，虽然丧失了一年之前的全部记忆，但这并不妨害她享受眼前的快乐时光。在这个世界中，出现了一种名叫“翼手”的怪物，它们拥有永恒的生命，以鲜血为食，现在，这些怪物的存在逐渐威胁到了人类的安全。表面上来看，小 夜和这些可怕的怪物似乎一辈子都不会有所交集，但在2005年的这一天，当那个漆黑的不详男子出现在小夜的面前时，一切都改变了。男子名叫哈吉（小西克辛 配音），他的到来不仅改变了小夜的命运，也唤起了小夜丢失已久的回忆。
　　为了保护世界和所爱的人，小夜拿起了武器，在哈吉的帮助下开始了同翼手的战斗。

　　没有人能够想到，曾经强极一时的帕尔斯王国，竟然也有濒临崩溃的一天。蛮族鲁西达尼亚的骚扰让王国中战事不断，与此同时，万骑长出人意料的背叛让帕尔斯王国的军队在亚特罗帕提尼会战中遭遇惨败溃不成军。
　　亚尔斯兰（小林裕介 配音）是帕尔斯王国的王子，即使个性软弱，善良细腻，但他终究还是要背负起复国的责任。在孔武有力忠贞不二的达龙（细谷佳正 配音）的保护下，亚尔斯兰免于了被俘虏的命运，两人决定前往巴休尔山，寻找在那里隐居的智者那尔撒斯（浪川大辅 配音），那尔撒斯和亚尔斯兰的父亲曾经有过一段并不愉快的过去，如今，面对哀求的亚尔斯兰，他是否会不计前嫌，伸出援手？

　　帕尔斯是一个富饶而又强大的国家，百姓们在此安居乐业，国泰民安。然而，异教徒之国鲁西达尼亚的铁蹄踏破了帕尔斯的宁静，纷飞的战火烧毁了辛苦维系的和平。帕尔斯在战场之上节节败退，丢掉了大片的疆土，国家走到了灭亡的边缘，王子亚尔斯兰（小林裕介 配音）亦不得不踏上逃亡的旅途，一路上保护着他的，是忠诚而又强壮的骑士达龙（细谷佳正 配音），两人相互扶持，是否能够完成复国的愿景呢？
　　那尔撒斯（浪川大辅 配音）、耶拉姆（花江夏树 配音）、奇夫（大桥贤一郎 配音），一路上，亚尔斯兰结识了一群愿意跟着他出生入死的好友，他们相互信赖，相互依靠，彼此之间结下了深厚的友谊。在重重的困难之中，一行人艰难的向着王都进发。

　　皿屋敷中学的不良少年浦饭幽助终日无所事事，或与青梅竹马雪村萤子吵架拌嘴，或拿死对头桑原和真出气。某日，逃课玩耍的幽助从车轮下救起一位小姑娘，自己则被汽车撞死。他的举动出乎灵界的预料，因此得到一个复活的机会。经过一次次的考验，幽助最终在萤子和桑原的帮助下重返人间。
　　在此之后，他成为一名灵界侦探，专门负责各种奇异的犯罪事件。在一次任务中，幽助又结识了化名南野秀一的妖狐藏马和盗贼飞影。所谓不打不相识，幽助、桑原、藏马、飞影成为共同进退的搭档。他们一同参加了云集强大妖怪的暗黑武术大会，与恐怖的户愚吕兄弟一决胜负。以此为肇始，此后他们与魔界的纠葛越来越深，战斗愈加激烈……

　　西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。

　　时为公元2202年。
　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。
　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，
　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。
　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。
　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。
　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？
　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。
　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。

　　故事发生在风景如画的北海道小樽市，性格胆小懦弱的千濑（折笠富美子 配音）喜欢上了稳重可靠的修次（石母田史朗 配音），鼓起勇气告白之后，两人走到了一起，并且开始交换日记。
　　某日，神秘的敌人出现在了札幌市，紧接着到来的是猛烈的攻击，从空袭之中侥幸逃脱的修次看到空中漂浮着少女的身影，她有着钢铁的翅膀和巨大的机械手臂，正在和敌人进行着殊死战斗，令修次怎么也无法相信的是，这名少女正是千濑。原来，千濑被日本军方改造成为了强大的人体兵器，用来和敌人作战，而随着身体的不断改造和能力的不断增强，千濑的精神和肉体都来到了崩溃的边缘。

　　在前往新世界的路上，草帽海贼团的各位悠哉游哉，举行了盛大豪华的时装秀。而就在此时，他们遭到比利奇准将所率领的海军的袭击，借着约瑟芬大炮的威力，草帽海贼团的船飞到了一座未知的小岛——手之岛。该岛形状像一只摊开的手掌，并且上面云集了来自全世界的能工巧匠。他们所制作出的手工艺品得到路飞、乌索普、布鲁克等人大为欣赏，但是手工艺品却十分短缺。因为这里的壮丁都被比利奇准将拉去修建海军基地，饱受压迫。路飞意外邂逅了雕蜡工匠杰高，既勾起了他童年的记忆，也知晓了手之岛的往事。比利奇准将不断膨胀的野心，必将为这座小岛带来一场前所未有的暴风雨……
　　本片为剧场版海贼王Z放映纪念特别篇。