20世紀から約1000年後の未来、外宇宙へと進出した地球人は、謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ、難民化した地球人は絶望し、イルミダス占領下の地球へ失意の帰還をしていた。
　　そんな屈辱の中、難民達を地球へと送り届けていた若き日のハーロックの大山トチローとエメラルダスとの運命の出会い、そしてハーロックが愛した生涯ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描く。ハーロック一族の先祖ファントム・F・ハーロックの記憶から辿ることから始まる。

　　该作品是为24小时电视节目制作的第9部特别动画，再次由手塚制作公司负责制作。手塚治虫则积极参与，担任原作、脚本、导演三重角色。故事采用类似于雷·布莱伯利的《火星纪事》中多元化剧集的呈现方式，以21世纪末人类迈向宇宙的时代作为背景，讲述了一段动人的爱情故事。剧情设定则与《火之鸟：望乡篇》相似。一对新婚夫妇踏上了宇宙之旅，然而丈夫因宇宙病不幸突然离世，女主角因此被孤独地留在了浩瀚宇宙之中。这个情节设定与《火之鸟》存在着相似之处。在这个故事中，女主角是一位如同麦当娜般深受众人喜爱的女性，为了拯救她，女主角地球时代的朋友们结伴踏上宇宙探险之旅。“用爱拯救地球”“只有爱才能拯救人类”——这部手塚特别动画作品再次强调了爱的力量和重要性。

小丸子是一名小学二年级的女生，她活泼、好动、懒惰、什么事情都拖到最后一刻才做、学习不认真、成绩平平、经常和姐姐斗气、爱幻想、做事没恒心……在小丸子身上我们或多或少都看到了自己童年的影子。如果小丸子算是一个“怪人”的话，那么她的周围可谓“怪人”多多，有点神经质的班长丸尾同学、权利欲极强的女副班长、经常和小丸子一起疯的爷爷，讨人厌的宾治同学等等，这群性格各异、精力充沛的小孩、大人们，每天都在演绎着生活的趣事，伴随着小丸子一天天长大。

知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…
　　同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…
　　兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！