幽静安宁的森林里，奇诺（前田爱 配音）和师父相守度日。她按照师父的指示打扫料理她们的林间小屋，期间学习使用各种枪械，提高射击的技术，或者联系操纵机车。时常有人来拜访师父，奇诺虽感好奇，却似乎更安于此时的生活状态。直到某天，她去河边打水的时候邂逅了一名男性旅者，对方的一番言语勾起了奇诺对外面世界的向往。她向师父表明了外出游历的意愿，师父并未加以阻拦，反而鼓励她勇敢地走出森林探险。只要切记，世事无常。奇诺不平凡和漫长的旅程开始了，她永远不知道等在前方的会是什么，但谁会因此停下探索的脚步？
　　本片根据时雨泽惠一的原作改编。

　　遠き過去。とある惑星にて文明を築きし「ゼノ・パレス」は、その文明の発展ゆえに自らの母なる惑星を壊し、自分たちの生き残る道を宇宙へと求めた。彼らは自分たちの遺伝情報を移民戦艦に封印。一部の選ばれた民が船を動かすために動き、他の民は彼らに希望を託して永い眠りにつく。
　　選ばれた民である移民船の乗組員たちの目的はただ一つ。宇宙のどこかにあるという、彼らを受け入れし「約束の星・テーラ」を探し出すこと。そしてテーラへの移民だった。
　　そして、ついにテーラは見つかる。しかしそこには独自の進化を遂げた初期段階文明の人間たちがいた。この事実に「ゼノ・パレス」は真っ二つに分かれる。一つは初期文明の人間を抹殺もしくは支配して移民をすぐさま完成させようとする強硬派。もう一方は長い年月をかけた話し合いによって現地文明と歩み寄り解決を見出そうとする穏健派だった。
　　二者の争いは戦争にまで発展。しかし争いに長ける事の無い穏健派は全く逆の強硬派に押されていく。そして穏健派は滅びの寸前に最後の手段を強行した。それは自らの持つ三体の「ゼノンズ・ガーディアン」と呼ばれるロボットとそれを格納する戦艦をテーラに飛ばし、原住民に託して強硬派と戦わせることだった。
　　流れる星となってテーラに落ちる「ゼノンズ・ガーディアン」は、その星で「日本」と呼ばれる国の蝦夷地、江戸、薩摩と呼ばれる土地に落ちた。そして、ロボットと戦艦はその地に生きる原住民たちの手によって地中深くへと封印されたのである。それが江戸時代のことであった。
　　そして時は流れて現在。ついに準備を整えた「ゼノ・パレス」は地球侵略の狼煙を上げる。テーラと呼ばれし星・地球が危機に陥ったとき、北海道、東京、鹿児島のそれぞれの土地から、その命運をかけて希望の光が飛び立つ！

　　青井和哉（市来光弘 配音）是一个善良平凡的少年，姐姐青井和叶（能登麻美子 配音）的死却永远的改变了他将来的道路。袭击和叶的，是一种名叫“NOVA”的异次元体，为了替姐姐报仇，和哉进入了培养与异次元体战斗的战士的专门学校——杰尼提克斯学院。
　　在学院中，学员们被分为潘多拉与制御者两种类别，就这样，和哉结识了一群外表柔弱实力却异常强大的女孩子们。其中，被称为最强潘多拉的莎缇莱萨（能登麻美子 配音）最让和哉感到在意，在机缘巧合之下，和哉竟然和她结成了搭档。此外，还有外刚内柔的傲娇娘嘉涅沙（喜多村英梨 配音），神秘的西藏转学生拉娜林沁（花泽香菜 配音）等人。在战斗和学习的过程中，和哉下定决心，一定要揭开姐姐死亡的谜团。

　　远古时代，掌管古世界的邪恶魔石「DB」在现代的这个世界上，再度的苏醒了！！为了要拯救全人类，神明派了一位使者来到世上，而且是个能够使用圣石「RAVE」的少年！
　　居住在车库岛的哈鲁，与姊姊凯特蕾雅一同过着平静的生活。但是自从偶然钓起一只不明生物——普鲁之后，身边便发生了一连串的事件。为了找寻真相，哈鲁决定离开小岛，前往未知的世界……

　　这部《新北斗神拳》OVA依然以小说为蓝本改编而成，作者虚构了一个人类文明衰亡的环境，友情、亲情……一切理智下建立的秩序需要由力量来维持。主人公健次郎背负着沉重的宿命，在一次次生死搏杀的同时体验着人生的悲欢离合，也昭示了人性的可贵。和《圣斗士冥王十二宫》一样，这部OVA动画也采用了3DCG 和2D画面结合的方式，在第一话的声优名单里，你还可以惊喜的发现子安武人这样的名字。相对于老版本，《新北斗神拳》在情节上相对紧凑了许多，原哲夫式的紧张气氛、健次郎李小龙般的动作特点都变得越发明显。充满张力的画面，也许可以帮FANS们找回当年对那份北斗神拳的痴迷感觉。