某一晚，野原一家同时梦见了古装剧里才会出现的”古代美女”，虽然全家人都觉得很不可思议，却也没有深入追究。当天下午小新从幼儿园回来时，看到小白正在庭院里拼命挖洞，而当小新也跟着开始挖掘后，竟然挖出了一个箱子，里面放有小新亲笔写的书函，除了写有天正2年的字眼外，还画有肥嘟嘟左卫门的图案。小新由于摸不着头绪而闭上眼睛思考，却在睁开眼时发现自己已经身处在一个战国时代，并阴错阳差救了武士，更因此得以见到了梦中的那位美女”阿廉公主…

　就读国中的女孩有栖川彻子（苍井优 配音），因父母离婚而转学来到了石之森学园。令她有些气闷的是，同学们皆以诡异的目光看她，甚至对她敬而远之。从同班同学睦美口中得知，彻子现在所坐的桌子，其前主人曾经陷入一起被称为“犹大及其四位妻子的杀人事件”。而那张桌子后面还有一张桌子，其主人荒井花（铃木杏 配音）长期旷课，花也恰恰是彻子现在的邻居。为了弄清杀人事件的真相，给自己起名“爱丽丝”的彻子壮着胆子进入花的家，进而得知了关于“犹大”的种种往事。
　　以此为契机，这两个性格有些古怪却灵巧可爱的女孩开始了她们伟大的友谊……

炎炎夏日，为了找到所向披靡的独角仙，大雄（大原めぐみ 配音）痛哭流涕，对哆拉A梦（水田わさび 配音）软磨硬泡。无奈之下，哆拉A梦和哆拉美（千秋 配音）拿出时光圈，帮大雄在500年前的新西兰寻找独角仙，谁知却意外抓到了早已灭绝的恐鸟。为了不至于让恐鸟走向灭亡，他们决定将其送往奇迹之岛。奇迹之岛是由未来的科学家开发的专门用来收留、保护、研究灭绝动物的小岛，传说岛上有一只黄金独角仙，它可为当地的生物注入生命的力量。一波三折，大雄和小伙伴们来到了这里，并且结识了和大雄极其相像的神秘少年达凯（野沢雅子 配音）以及善良的洛科洛族。与此同时，一个黑心商人图谋抓住黄金独角仙……
本片为哆拉A梦诞生前100年的纪念之作。

本作描写了主人公与同伴们白天作为学生生活，夜晚则运用名为“Persona”的特殊力量，化身为“窃取心灵的怪盗”，向社会中扭曲腐坏的大人们发起挑战的都市浪漫物语。

　　U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕......

因为一块布丁，野原新之助（矢岛晶子 配音）和妹妹向日葵（こおろぎさとみ 配音）激烈争吵，身为哥哥他自然受到爸爸广志（藤原啓治 配音）和妈妈美伢（ならはしみき 配音）的训斥。小新恼羞成怒，扬言“不要当哥哥！不要妹妹了！”就在此刻，一胖一瘦两个绿衣人出现，声称愿意将小葵收养，以向日葵公主的身份展开新的生活。一道刺眼强光过后，签订了协议的野原一家被吸入UFO，开始了吉凶未卜的宇宙旅行。
　　从向日葵星国王口中得知，当前这颗星球和地球正面临前所未有的危机，一旦二者间的平衡受到破坏，两颗星球都将迎来毁灭的厄运。而向日葵，正是防止危机的关键…