千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。　　虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。　　不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。
　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。
　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。
　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。
　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……
　　“所以说过去的事情我不知道啦！”
　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。
　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。
　　接下来，应该在数码世界做些什么才好——
　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——
　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。
　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。
　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。
　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

小月的母亲生病住院了，父亲带着她与四岁的妹妹小梅到乡间的居住。她们对那里的环境都感到十分新奇，也发现了很多有趣的事情。她们遇到了很多小精灵，她们来到属于她们的环境中，看到了她们世界中很多的奇怪事物，更与一只大大胖胖的龙猫成为了朋友。龙猫与小精灵们利用他们的神奇力量，为小月与妹妹带来了很多神奇的景观，令她们大开眼界。 妹妹小梅常常挂念生病中的母亲，嚷着要姐姐带着她去看母亲，但小月拒绝了。小梅竟然自己前往，不料途中迷路了，小月只好寻找她的龙猫及小精灵朋友们帮助。

隐藏在每天交替时刻的狭缝中的时间，“影时间”。每当影时间来临，世界便停止运转，人们化为静立的棺木。之后，异形的怪物“Shadow”便现身破坏。能够与之对抗的，只有能够使用“Persona”这种特殊能力的人类。转学到私立月光馆学园的少年结城理觉醒了Persona的力量，之后被前辈桐条美鹤邀请加入“特別课外活动部”。在那里聚集的，都是同样拥有力量的Persona使用者。他们为了各自的目的追寻着影时间的真相，并与难以想像的命运展开了对峙ーー。剧场版第二章“Midsummer Knight's Dream”登场。

21世纪初，日本生物科技高度发达，其所研制并独家垄断的生物机器人极大推进了时代的进步，但同时其潜在的危害性也不断受到世界各国的指摘。不满于其他国家对该技术限制的呼声，日本于2067年单方面退出联合国，用高科技手段屏蔽一切外来信号，再次进入锁国状态。
　　此后整整10年间，关于日本的现状外界一无所知。美国政府急于了解日本当前的状况，虽派出特种部队SWORD秘密潜入这个已经封闭了十个年头的神秘国家。当特种队员VEXILLE（黒木メイサ 音）和里昂（谷原章介 饰）进入日本后，眼前的一切却令他们大吃一惊…

　テレビアニメや実写映画など様々なメディア展開で人気を集めてきた大和和紀原作の大ヒット少女コミック「はいからさんが通る」を新たなスタッフ＆キャスト陣で映画化した劇場版アニメ2部作の後編。大正時代。女学生の花村紅緒は伊集院忍少尉と出会うが、彼が自分の許婚であることを知って反発する。やがて2人は許婚という関係を超えて惹かれ合うが、少尉は戦地で消息不明になってしまう。少尉の生存を諦めきれない紅緒の前に、少尉と瓜二つのロシアの亡命貴族サーシャ・ミハイロフが現われる。愛する人と同じ姿でありながら自分のことを全く知らないサーシャにショックを受ける紅緒を支えてくれたのは、彼女が働く出版社の編集長・青江冬星だった。そんな中、驚くべき事実が次々と明らかになり、彼らは歴史的大事件に巻き込まれていく。